Jadwal Kereta Rel Listrik yang beroperasi di Jakarta, Depok, Tangerang, dan Bekasi telah diadakan perubahan sesuai dengan Grafik Perjalanan Kereta (Gapeka) 2013. Perubahan ini juga menyangkut penambahan perjalanan KRL di Jabodetabek menjadi 575 perjalanan. Perubahan terbesar adalah penambahan jadwal KRL Non Ekonomi dan pengurangan jadwal KRL Ekonomi

Namun demikian, perubahan jadwal KRL ini ternyata membingungkan sebagian penumpang. Meski sudah ditempel jadwal perjalanan di stasiun namun penumpang tetap mengaku bingung.  Nur Cahyo, Koordinator KRL Mania, mengaku perubahan jadwal itu belum menjadi solusi untuk jam sibuk. Menurutnya klaim jeda antar KRL 7 menit harus dibuktikan, karena penumpukan penumpang pada saat jam sibuk masih terjadi  di sejumlah stasiun besar, seperti Sudirman dan Manggarai. Begitu pula di Stasiun Bogor.

Ia meminta agar PT KAI  berkonsentrasi untuk memperbanyak perjalanan kereta di jam sibuk.

Berikut ini adalah Jadwal Baru Commuter Line di Jabodetabek. Jadwal ini hanya menyajikan jadwal Commuter Line di stasiun Awal, Stasiun Akhir, dan Stasiun Penghubung

• Bekasi – Jakarta Kota
• Bogor/Depok – Jakarta Kota
• Bogor/Depok – Jatinegara
• Manggarai – Angke
• Maja/Parungpanjang/Serpong – Tanah Abang
• Tangerang – Duri
• Kampung Bandan – Jakarta Kota
• Jakarta Kota – Bekasi
• Jakarta Kota – Depok/Bogor
• Jatinegara – Depok/Bogor
• Angke – Manggarai
• Tanah Abang – Serpong/Parungpanjang/Maja